Jeofizikte lisansüstü eğitimde son adım olan doktora programı, 4 yıllık bir eğitimi içermektedir. Bu eğitimi tamamlamak için,

• En az 24 kredilik ders 4 başarılı yarıyıl içersinde tamamlanmalıdır.

• Doktora Tezi ise, derslerin bitiminden sonra takip eden en az 4 yarıyıl içersinde en çok 8 yarıyılda tamamlanmalıdır.

Doktora programı, kişinin özel bir alanda profesyonel ilgisi esasına dayalı olduğu için, ders çalışması adayın özel ilgi ve  ihtiyaçlarına yönelik olarak danışmanın yol göstermesi ile planlanır. 24 kredilik ders dönemi, 600 kodlu dersleri içermelidir, bununla birlikte danışman onayı ile değişiklikler yapılabilir. Boğaziçi Üniversitesi'nden  yüksek lisans derecesi olmayan adaylar, normal derslere ek olarak, en az 2 adet 500 veya 600 kodlu ders almalıdırlar.

Ders döneminin ortalama 3.20 derece ile tamamlanmasından sonra, adaylardan  yeterlilik sınavını vermeleri istenir. Bu sınavın başarı ile verilmesinin ardından, aday enstitü tarafından belirlenen danışman kontrolünde doktora tezine başlayabilir. Doktora derecesi, genel bir yeterliliğe, iyi bilgi seviyesine ve özel bir çalışma alanında yeteneğine hem de yürütülen tez çalışmasının sonucunun da göstereceği gibi, bağımsız bir araştırmayı yürütebilme kapasitesine sahip olduğunu ispat eden adaylara verilir. Aday doktora derecesini, başarı ile tamamladığı sözlü bir sınavın ardından almaya hak kazanır.